
A la fin du XVII° siècle, les pères jésuites arrivèrent d'Europe pour évangéliser les Indiens de ces contrées inhospitalières que les Espagnols n'avaient pas encore véritablement "conquis". On estime que deux millions d'autochtones vivaient à l'époque sur ce territoire divisé en une quarantaine d'ethnies, notamment les Guaranis, les Ayoréos, les Chiquitanos et les Chiriguayos. Les missionnaires jésuites construirent des villages faisant partie de la Province Jésuite du Paraguay. San Javier fut créé en 1691, la première république de Dieu. École, atelier de peinture et d’art plastique, cuisine et salle de musique sont érigés autour de l’église sans oublier l’atelier où les luthiers chiquitanos fabriquent leurs propres instruments de musique.
Le Père Martin Schmidt, Suisse, homme de la Renaissance et humaniste têtu, fonda en quelques années une série de missions pour assurer l’aménagement de cette partie du Haut Pérou (Royale Audience de Charcas). Au fil du temps, les Chiquitos se font plutôt bien à cette colonisation paternaliste qui les met à l’abri des marchands d’esclaves du Brésil (les bandeirantes).
Les jésuites enseignent la musique aux Indiens d’Amazonie qui devinrent des musiciens hors pair capables de composer eux-mêmes des vêpres, des sonates et des opéras. Néanmoins cette musique baroque amazonienne fut longtemps oubliée de l’histoire officielle, préférant celle de Sucre et de Potosi. Les Indiens conservèrent néanmoins chez eux des partitions de l’époque en se les transmettant de génération en génération.
L’expérience de colonisation de ces Indiens les rend sédentaires et ils apprennent l’agriculture et l’élevage. Ce sont initialement des nomades vivant de chasse et de cueillette. Chaque communauté est administrée conjointement par quelques prêtres et un conseil de huit indiens représentant des tribus spécifiques. Les Indiens acceptant de coopérer, ils n’étaient jamais contraints, échappaient ainsi au système contraignant de l’encomienda ou de l’esclavage portugais à l’Ouest.
Apogée des missions sous Martin Schmidt qui créa notamment un dictionnaire espagnol chiquito avant d’être expulsé de la région et qui mourut en Europe en 1772.
Outre les activités religieuses et économiques, les jésuites soutinrent le développement culturel. Ils tentèrent d’allier le meilleur des deux cultures. Les Indiens devinrent des artisans accomplis et réalisèrent de remarquables articles en tissus, argent et bois, notamment des harpes et des violons renommés. Chaque mission possède son propre orchestre complet utilisant des instruments artisanaux de qualité souvent supérieure à leurs homologues européens. Ces communautés mettaient également en scène des madrigaux de la renaissance, comédies baroques et opéras. Mais la puissance grandissante des jésuites finit par causer leur perte. Leur influence fit de l’ombre au Roi d’Espagne qui ordonna leur expulsion en 1767.
Les villages de San Javier, Concepcion, San Ignacio, San Miguel, Santa Ana, San Rafael, San José et Santiago furent ainsi construits au XVIII° siècle.
Contrairement aux autres missions jésuites d'Amérique du sud, abandonnées après 1767, les villages des Chiquitos survécurent à l'expulsion de la Compagnie de Jésus. Au XIX° siècle, Alcide d'Orbigny admirait encore le tracé régulier de San Rafael et le comte de Castelneau s'émerveillait d'assister, dans l'église de Santa Ana, à l'exécution d'une messe de Palestrina par un orchestre de trente musiciens.
Depuis 1990, cinq églises des missions jésuites de Chiquitos ont été inscrites au Patrimoine mondial de l'Unesco, comme patrimoine vivant.



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